私は普段、railwaycat/emacsmacport を使ってインストールしたemacs-mac を使用しているのですが、何故かmacOSをSonomaにアップグレードしたらタイトルバーが太くなりました。
macOS SonomaにしたらEmacsのタイトルバーが太くなった…！ によると、次の設定を入れるとなおるようです:
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うーん、起動も遅くなったっぽいし、workaround感がすごい。わかんないですけどなんかフレームの初期化に失敗しているとかそういう感じなんでしょうか。
emacs-macの方で修正を入れてくれている様子 なので、リリースされるまではこのworkaroundでしのいでおくくらいしかできなさそうです。